Surgió de esfuerzos organizativos gremiales y profesionales y se institucionalizó el 16 de octubre de 1964, al ser creado mediante Ley Nº 15173; modificada por D.L. 17239 del 29 de noviembre e instalándose su primer Consejo Nacional presidido por el primer Decano Dr. Jorge de la Flor Valle, en noviembre de 1969.
Siendo la colegiación un requisito indispensable, el CMP incorpora obligatoriamente a todos los médico-cirujanos que se encuentren legalmente aptos para ejercer la profesión.
El CMP tiene como misión fomentar el bienestar social y el trabajo decente de médicos y médicas, promover una reforma por el derecho a la salud y el acceso universal a la seguridad social, garantizar una formación y ejercicio profesional científica, humanista, basada en los principios ético-deontológicos de la profesión.
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COMITÉ EJECUTIVO NACIONAL |
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| DECANA NACIONAL | DRA. LILIANA DEL CARMEN CABANI RAVELLO |  |
| VICE DECANO | DR. DANIEL ENRIQUE HARO HARO |  |
| SECRETARIO DEL INTERIOR | DR. JAIME MORÁN ORTIZ |  |
| SECRETARIO DEL EXTERIOR | DR. HÉCTOR ALBERTO MEDRANO SAMAMÉ |  |
| TESORERO | DR. PEDRO MARCHENA REÁTEGUI |  |
| VOCAL | DRA. RAQUEL JOSEFA GARCÉS GHILARDI |  |
| VOCAL | DRA. ELSA DEL CARMEN BERRIOS MEDINA |  |
| VOCAL | DR. JAIME MAMANI SOLÓRZANO |  |
| VOCAL | DR. VÍCTOR LEONEL LLACSA SARAVIA |  |
| ACCESITARIA | DRA. VICTORIA CELESTE ARMAS RODRÍGUEZ |  |
| ACCESITARIA | DRA. YARELA YENI CABALLERO ENRÍQUEZ |  |
CONSEJOS REGIONALES
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CONSEJO REGIONAL |
DECANOS REGIONALES |
| Consejo Regional I La Libertad | DR. VÍCTOR EDUARDO LAU TORRES |
| Consejo Regional II Loreto | DR. MAX THEMME FLOREZ |
| Consejo Regional III Lima | DR. RAÚL URQUIZO ARÉSTEGUI |
| Consejo Regional IV Junín | DR. CARLOS ALBERTO TORRES PAULINO |
| Consejo Regional V Arequipa | DR. RAFAEL FREDY TAPIA PÉREZ |
| Consejo Regional VI Cusco | DR. HÉCTOR PAUCAR SOTOMAYOR |
| Consejo Regional VII Piura | DR. TOMÁS EDUARDO VALERA LAZO |
| Consejo Regional VIII Lambayeque | DR. VÍCTOR ALBERTO SOTO CÁCERES |
| Consejo Regional IX Ica | DRA. JULIA RUTH NEIRA GOYENECHE |
| Consejo Regional X Huánuco | DR. EDGAR GUTIÉRREZ VÁSQUEZ |
| Consejo Regional XI Huaraz | DR. CRISTIAN HIDALGO PAJUELO |
| Consejo Regional XII Tacna | DR. MARCO RIVAROLA HIDALGO |
| Consejo Regional XIII Ucayali | DR. LUIS RENGIFO NAVARRETE |
| Consejo Regional XIV Puno | DR. ANDRÉS MIGUEL CÁCERES JARA |
| Consejo Regional XV San Martín | DR. JUAN MARTÍN RUIZ SOTO |
| Consejo Regional XVI Ayacucho | DR. JUAN RONDINELLI ZAGA |
| Consejo Regional XVII Cajamarca | DR. ERICO MARCEL CIEZA MORA |
| Consejo Regional XVIII Callao | DR. LUIS ALBERTO ORTIZ PILCO |
| Consejo Regional XIX Chimbote | DRA. CECILIA ARANGOITIA CALLE |
| Consejo Regional XX Pasco | DR. VÍCTOR CAMONES MENESES |
| Consejo Regional XXI Moquegua | DR. JUAN LUIS MEDINA VALDIVIA |
| Consejo Regional XXII Apurímac | DR. EDISON VIVANCO QUINTE |
| Consejo Regional XXIII Tumbes | DR. NÉSTOR VÍCTOR LINARES TERÁN |
| Consejo Regional XXIV Amazonas | DR. OSCAR ENRIQUE TORRES QUIROZ |
| Consejo Regional XXV Huancavelica | DR. FREDY QUISPE HUAMÁN |
| Consejo Regional XXVI Madre de Dios | DRA. ROSA MARÍA CASTRO PINTO |
| Consejo Regional XXVII Lima Provincias | DR. DARÍO VÁSQUEZ ESTELA |